El uso generalizado de los antibióticos comenzó en la década de los 40, y en década aprendimos que potencialmente estamos matando  microbios indiscriminadamente y poniéndonos en riesgo. En la década de 1990 Abigail  Salyers de la Universidad de Illinois denunció el uso excesivo de antibióticos en el contexto del aumento creciente de la trasferencia de genes de resistencia a antibióticos entre microorganismos del cuerpo humano y declaró que nuestro éxito anterior contra las enfermedades infecciosas podría estar en riesgo. Su teoría fue respaldada por la investigación de Martín Blaser de la Facultad de Medicina de New York con la publicación de su libro Missing Microbes : Como el uso excesivo de antibióticos está alimentando nuestras plagas modernas. Este vínculo entre el uso excesivo de antibióticos los estragos causados en nuestro microbioma intestinal y la pérdida de bacterias buenas con el aumento de las enfermedades autoinmunes y psíquicas  nos lleva a una mayor investigación sobre el microbioma y los probióticos. La observación de que una reducción importante en las infecciones en la vida temprana esta  combinada con el aumento de las alergias condujo a la   “hipótesis de la higiene” ( las infecciones previnieron las alergias ) que ahora nos lleva a la hipótesis de que ciertas bacterias potencialmente probióticos pueden prevenir las  alergias , falta de contacto con viejos amigos “ puede estar detrás del aumento no sólo de alergias sino también de trastornos autoinmunes y psiquiátricos. 

La dieta juega un papel importante en los tipos y la abundancia de bacterias en el intestino ya que las diferentes bacterias se verán afectadas por los diferentes sustratos. Por ejemplo el Proyecto American Gut ha identificado que el consumo de más de 30 tipos diferentes de plantas por semana estaba asociado con una diversidad mayor en el microbioma intestinal que la diversidad de muestras de individuos que comieron menos de 10 fuentes de plantas.

Sin embargo comprender el papel de las bacterias y otros microbios en nuestro intestino y en nuestra salud requiere una investigación más profunda sobre el mcrobioma, los probióticos y las pautas clínicas.

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